英国克里克大学生物信息学博士后研究员计划

英国克里克大学生物信息学博士后培训研究员应领导自己的项目和 在实验室内外进行协作。团队合作的能力是必不可少的。这是一份全职固定期限合同（4 年）
总结：一个激动人心的机会，成为致力于创新和科学的开创性生物医学研究所的一员，在Samra Turajlic.我们正在寻找一位高度协作和自我激励的博士后生物信息学家，在我们的综合肿瘤进化计划中工作，与弗朗西斯•克里克研究所、伦敦大学学院癌症研究所、癌症研究所以及国际上的团体网络合作，包括美国国立卫生研究院（NIH）和制药公司。该职位将涉及分析来自大规模肿瘤进化试验的数据，例如 TRACERx 和 PEACE 研究，以及介入性临床试验，例如 ADAPTeR 和 A-PREDICT 以及 100KG Genomics England 数据集。我们的研究为肿瘤进化领域做出了广泛的成功贡献，并取得了高影响力产出的出色记录。该项目位于基础研究和转化研究的界面，将利用从本地和国际进行的大规模试验以及临床前模型中产生的丰富的多组学数据集（批量和单细胞）。我们的重点是肾细胞癌和黑色素瘤，然而，一些生物信息学项目也在泛癌环境中进行，而另一些则专注于生物标志物的临床应用。该职位非常适合在领先的学术环境中对癌症基因组学、癌症进化、进化生物学和生物信息学有浓厚兴趣的创造性个人。
成功的申请者将在癌症生物信息学方面拥有良好的记录，具有NGS数据分析的经验，并能流利地使用以下至少一种编程语言：Python或R，并有望在基因组学和癌症生物学和/或进化方面具有很强的技能。特别需要基于集成大型数据集的数据分析经验。该职位将基于一个由癌症进化生物学家、湿实验室科学家和转化研究临床医生组成的多学科团队，他们关注基本的进化原理和进化规则在临床中的应用。我们与专门从事机器学习和数学建模的同事密切合作。此外，该实验室还非常注重了解抗肿瘤免疫反应，并通过湿实验室和干实验室工作来解决这个问题。申请人将有机会在国内和国际上开展合作，并有机会与我们的行业和学术合作伙伴接触。候选人将与弗朗西斯•克里克研究所的其他计算科学家密切合作，并有充足的机会发展他们的技能。提供全面的计算基础架构，可访问多个 HPC 集群。

项目范围
拟议的项目利用了四个程序：TRACERx 肾脏，美国国立卫生研究院霍尔斯特-F、肾癌和黑色素瘤）。该研究是与皇家马斯登、盖伊和圣托马斯以及皇家自由NHS基金会信托基金以及包括美国国立卫生研究院在内的几个国际合作者密切合作进行的。候选人将专注于在遗传性VHL突变的背景下破译癌症进化 - 这是测试体内进化偶然性原理的难得机会;以及在散发性肾癌的背景下，作为我们对 TRACERx 肾脏研究的中期报告的后续行动（Turajlic 等人，Cell 2018a&b）。分析将涉及在单细胞和体积水平上分析的正常和癌组织，包括 DNA 和 RNA;组织转录组学方法将有进一步的发展空间。
Samra Turajlic博士是一名临床科学家，在肾细胞癌和黑色素瘤方面具有临床实践，该计划反映了通过结合尖端方法解决的新临床问题。该实验室的总体目标是产生基本的生物学见解，破译肿瘤微环境、免疫系统和癌症治疗的选择和影响对克隆进化的影响;并应用这些知识来改善患者的治疗效果。成功的申请人将受雇于弗朗西斯•克里克研究所，并在图拉伊利奇博士的小组内工作，该小组由英国癌症研究中心、美国国立卫生研究院、黑色素瘤研究联盟、玫瑰树信托基金和 NIHR 生物医学研究中心等资助。弗朗西斯•克里克研究所（Francis Crick Institute）提供了令人印象深刻的计算基础设施，并通过CRUK伦敦金融城中心和eMedLab提供了额外的资源，并且有充足的个人发展机会。

主要职责
该职位的主要职责是进行生物信息学发现分析，研究转移和肿瘤进展、免疫逃逸和治疗耐药性的进化驱动因素。该项目将利用被认为是世界上最大的基因组/转录组数据集之一，这些数据集来自几项癌症进化试验。测序数据得到了大量支持数据类型的补充，包括组织学、成像数据、临床和影像组学数据。
• 在图拉吉利实验室的生物信息学团队以及弗朗西斯•克里克研究所及其他机构的合作小组中工作，包括学术和行业合作伙伴。
• 使用已建立的管道对基因组和转录组数据进行分析。
• 分析多区域测序数据，鉴定体细胞突变、拷贝数畸变和重建系统发育树。
• 采用新颖的信息学方法应用于无细胞和单细胞数据，包括原位转录组学。
• 联络和协调项目合作者，包括临床医生、癌症生物学家、机器学习专家和数学建模师。
• 以准确、及时和清晰的方式记录所有分析，并在需要时使用它来准备数据摘要和报告。
• 充分了解肿瘤进化和相关文献（癌症生物学、癌症基因组学）以提出新的想法。
• 通过提出生物学见解，将其与临床前模型和临床研究相结合并产生新的假设来推动项目向前发展
• 参加定期小组会议并报告研究成果。
• 通过撰写论文发表以及在国家和国际会议上以口头和海报形式展示，为传播科学成果做出贡献。
• 在智力和实践上为Turajlic实验室更广泛的研究计划做出贡献
• 在必要时支持初级同事
• 与该职位的范围和级别相适应的任何其他职责。随着工作职责的变化/发展，职位描述可能会与职位持有人协商进行审查和修改

主要经验和能力
• 生物信息学或相关学科博士
• 有癌症基因组学经验者优先
• 精通 shell 脚本和至少一种以下编程语言：R 或 Python
• 优秀的一般计算能力
• 对数学和统计学的理解
• 对研究做出独立和原创贡献的证据
• 能够管理项目、设定时间表、分析、呈现和撰写结论
• 出色的演讲技巧 - 包括在国际会议上
• 能够在会议和大会上代表 PI
• 出色的人际交往能力和对团队合作的承诺
• 能够在最少的监督下工作，使用自己的主动性来组织自己的工作并确定其优先级
• 定义和解决研究问题的能力
• 积极主动地创新和解决问题
• 有进化生物学/癌症进化领域经验者优先
• 有单细胞测序和成像分析经验者优先
• 具有 Nextflow 或类似管道管理框架的经验是可取的
• 有机器学习经验者优先
• 以前有多学科工作经验是可取的